La Basilica abbaziale sorge dove, fino alla metà del secolo XVI, esisteva una chiesa molto più piccola, della quale non resta alcuna testimonianza architettonica. A seguito della deliberazione dei superiori della congregazione cassinese di sistemare le strutture del monastero, nel 1564 venne intrapresa l’edificazione dell’attuale chiesa abbaziale, e sappiamo che tali lavori terminarono nel 1595.

Entrambe le date, oltre che dalla ricca documentazione che si conserva nell’Archivio Storico dell’Abbazia, le apprendiamo dalle due iscrizioni marmoree che troviamo sulla facciata esterna della stessa chiesa. La dedicazione (consacrazione al culto) della chiesa, invece, avvenne il 20 maggio 1602, durante un solenne rito presieduto dall’arcivescovo di Palermo Diego Aedo. Di quest’evento un’altra iscrizione, questa volta posta sull’acquasantiera sinistra della controfacciata, ci offre dettagliata notizia.

Al suo interno la chiesa abbaziale si presenta in tutta la sua sobrietà, e per certi versi incompleta. Se guardiamo, infatti, agli interventi posteriori di abbellimento sia del vano absidale che di alcune cappelle, comprendiamo che l’intento dei monaci era quella di far rivestire le pareti della chiesa con marmi e altre decorazioni. Ma il progetto tanto grandioso non venne mai del tutto eseguito, per mancanza dei fondi necessari: la comunità monastica, del resto, proprio dalla prima metà del XVII secolo fino a tutto il XVIII intraprenderà tanti lavori anche nel resto del monastero, sostenendo ingenti spese.

Della chiesa precedente a quella attuale non rimane, come già abbiamo detto, nulla. Soltanto alcune opere marmoree della fine del Quattrocento possono essere ricondotte alla struttura precedente, riadattate nella nuova. Tra queste una statua della Madonna della Consolazione, un portale e un’acquasantiera di cui parleremo più avanti.